Une rhinopharyngite aiguë se traduit par une obstruction nasale uni ou bilatérale, une rhinorrhée muqueuse ou mucopurulente antérieure et postérieure et une douleur pharyngée ou une gêne pharyngée. La fièvre est souvent élevée, mais l'état général est habituellement conservé. L'enfant peut être grognon ou agité.

A l'examen, la muqueuse nasale et du pharynx est diffusément rouge et sécrétante, les tympans sont inflammatoires, rosés sans bombement ou infiltration du tympan  témoignant d'une collection dans la caisse du tympan.

La complication la plus fréquente de la rhinopharyngite est l'otite moyenne aiguë qui peut évoluer vers une otite purulente se traduisant par une otalgie et une hypoacousie. A l'examen, le tympan est bombant de couleur rouge ou centré par une poche blanche d'aspect purulent . La perforation tympanique se traduira par une otorrhée plus ou moins fétide.

Les autres complications sont des convulsions hyperthermiques ainsi qu'une diarrhée qui peut être responsable de deshydratation.

La sinusite maxillaire passe le plus souvent inaperçue. L'ethmoïdite aiguë est plus rare, sa gravité doit la faire diagnostiquer précocement.

Les laryngites sous-glottiques et les bronchites sont fréquentes.

Les complications ganglionnaires peuvent se traduire par un adénophlegmon cervical ou un abcès retropharyngé.